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看了你发的函数：
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def Wait(self):
self._app.MainLoop()
看名字应该是启动了阻塞循环，去处理app的请求，这个就是需要一直运行的，因为一旦停止了，你的app请求就没发处理了。
如果你需要启动后再执行的别的程序，可以使用多进程，把这个启动放在别的进程里去执行。
如果解决了您的问题请采纳！
如果未解决请继续追问
很简单,新建一个线程即可
import threading
def input_func( context ):
context[ 'data' ] = input( 'input:' )
context = { 'data' : 'default' }
t = threading.Thread( target = input_func ,args = ( context , ) )
t.start( )
t.join( 10 )#等待10秒
print( context )
在我的Python环境（Win7+Python2.7.9）下测试没问题，是等待5秒后再输出 m。
你的问题可能是被标准输出流的缓冲区缓冲了，给 stdout 加一个 flush 就可以了：
from time import sleep
from sys import stdout
print "s"
stdout.flush()
sleep(5)
print "m"
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