扫二维码与项目经理沟通
我们在微信上24小时期待你的声音
解答本文疑问/技术咨询/运营咨询/技术建议/互联网交流
这期内容当中小编将会给大家带来有关如何使用R语言利用SSR数据构建进化树，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。
我们提供的服务有：成都网站建设、成都网站设计、微信公众号开发、网站优化、网站认证、铁岭ssl等。为近1000家企事业单位解决了网站和推广的问题。提供周到的售前咨询和贴心的售后服务，是有科学管理、有技术的铁岭网站制作公司
今天有一位读者留言问有了SSR的数据，如何画树状图？
SSR的数据我也是第一次接触，我看了一下他发给我的数据，是csv格式，每行是一个样本，每列是一个位点。位点的取值是0，和1。这种格式好像叫做二进制的格式。就是下面这种
第一列是样本名称，后面每一列是一个位点。
我搜索了一下相关教程，找到了一个。需要借助ape这个包，如果是第一次使用的话需要先安装
install.packages("ape")
后面进化树可视化还需要用到ggtree，如果是第一次使用也要安装
BiocManager::install("ggtree")
BiocManager第一次使用也得先安装
install.packages("BiocManager")
找到的教程的链接是 https://www.biostars.org/p/100432/
df<-read.csv("SSR_example.csv",header=T,row.names = 1)
ssr<-as.matrix(df)
library(ape)
tree<-nj(dist.gene(ssr))
library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab()+
xlim(0,6.5)
ggtree(tree,layout="circular")+
geom_tiplab2(size=3)
ggtree(tree,layout="circular",branch.length = "none")+
geom_tiplab2(size=3)
这位读者的数据过多，最后画树状图如果带上样本名字的效果如下
这个图应该如何美化我还真没有思路。大家如果做过这种图欢迎留言讨论 如何美化会好看一点
我记得好像MEGA也可以利用这种二进制数据构建进化树了，但是一时想不起来如何做了。
上述就是小编为大家分享的如何使用R语言利用SSR数据构建进化树了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道。
我们在微信上24小时期待你的声音
解答本文疑问/技术咨询/运营咨询/技术建议/互联网交流
微信二维码
移动版官网