miRNA靶基因查询R包和网页工具该怎么使用

miRNA靶基因查询R包和网页工具该怎么使用，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。

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我们多次介绍了关于miRNA的靶向基因的查询工具，但是不少粉丝表示不明白这些东西是做什么的，现在就给一个示例，你把癌症替换成为TCGA的另外33种癌症，都是类似的分析策略，类似的写作思路。

这样的文章，你直接定位到材料与方法即可：

The DEMs targeted by DEMIs were identified and the negative correlation between DEMs and DEMIs was subjected to visualization.
The potential functions of DEMs targeted by DEMIs were annotated in Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database.
A total of 663 dysregulated DEMs (449 upregulated and 214 downregulated) and 33 DEMIs (24 upregulated and 8 downregulated) were identified in LSCC compared with normal controls.
502 negative correlations between DEMIs and DEMs were identified and subjected to construct interaction network.

分别对mRNA和miRNA的表达矩阵，进行差异分析，分别拿到上下调的mRNA和miRNA的集合。然后使用miRWalk2来查询mRNA和miRNA的调控关系，输入数据是32个有差异的miRNA，预测到的这些靶mRNA，跟前面的差异MRNA进行交集，最后剩下502个mRNA和miRNA的调控关系。全文主要是差异分析的基因列表，热图以及mRNA和miRNA的的调控网络图。我们介绍的关于miRNA的靶向基因的查询工具，就在这里发挥了作用！

miRNA靶基因查询R包和网页工具该怎么使用

miRNA的靶向基因的查询工具也就是说，差异分析单纯的作为数据挖掘的卖点已经不够了， 早先可以走PPI网络加上hub基因路线，现在可以走miRNA及其靶基因网络路线。每个miRNA调控的基因，就可以网络图可视化如下：

miRNA靶基因查询R包和网页工具该怎么使用

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